Filiální kostel sv. Jana Křtitele je jedním ze čtyř kostelů v rámci jihlavské Římskokatolické farnosti u kostela sv. Jakuba. Nachází se na Jánském kopci, nad ve středověku často zaplavovaným údolím řeky Jihlavy. Koste je poprvé doložen roku 1243. Průzkumy však ukazují, že mohl být postaven již o něco dříve, neboť roku 1984 byly pod stávající podlahou objeveny základy románského kostela, jehož vznik spadá do posledního desetiletí 12. století. Dnešní kostel je raně gotického původu z poloviny 13. století. Ve 13. století byla jeho loď předělena příčkou a zadní třetina se užívala k světským účelům. Ještě před rokem 1270 vzniká triumfální oblouk mezi lodí a zaklenutým kněžištěm s apsidou a vížkou. Roku 1458 byl kostel poničen vojsky Jiřího z Poděbrad. Při následných opravách vzniklo nový presbytář se síťovou klenbou a sedlovým portálem do sakristie na severu. Na počátku 17. století byly zvýšeny zdi lodi, objevily se nové vchody s renesančními portály, kruchta a kamenná sakristie. Po třicetileté válce, jež s sebou přinesla švédskou okupaci a pro kostel mnohem větší zkázu, byl kostel rekonstruován barokně. Výsledkem byla výmalba interiéru, z něhož byl nejcennější oltářní obraz V. Noseckého, vnější kazatelna, úpravy kleneb a zasazení vitráží do oken. Ke kostelu patří i přilehlé prostranství. Posledními úpravami prošel kostel v roce 2025, kdy byl do interiéru navrácen ikonický obraz spícího havíře a instalovaná nová socha sv. Jana Křtitele na kazatelnu. Do sanktusníku kostela byly také pořízeny dva nové zvony sv. Jana Křtitele a sv. Vojtěcha.

Kostel je pravidelně otevřen v čase bohoslužeb. Prohlídky pro skupiny lze domluvit individuálně v kanceláři farnosti. Svatojakubská farnost je tvořena společenstvím kolem čtyř kostelů: farního sv. Jakuba, filiálních sv. Ignáce, sv. Jana Křtitele a Nejsv. Srdce Páně. Byla založena v 13. století a je dodnes spravována kněžími z Řádu premonstrátů, od r. 1591 jsou to premonstráti strahovští. Informace o životě farnosti, bohoslužbách, různých aktivitách, opravách apod. najdete na webu farnosti.