Přestože první písemná zmínka o Mrákotíně pochází teprve z roku 1385, dá se předpokládat, že ves toho jména vznikla již za panování Přemyslovců někdy ve 12. či 13. století.

Roku 1398 je už připomínán farní kostel. Jeho původní gotická podoba však zcela zanikla při klasicistní přestavbě v letech 1806 - 07. Při této přestavbě byla k původnímu presbyteriu napříč postavena nová stavba a kostel dostal současnou podobu s neobvyklou orientací ke světovým stranám. Osa kostela teď míří netradičně k severu.

V interiéru boční kaple si můžeme povšimnout některých gotických stavebních prvků, jako je žebrová klenby, čtyř oken, z nichž dvě mají zachovalou kružbu; dále je ve zdi zachováno i původní sanktuárium. Hlavní oltář byl postaven roku 1872 a v roce 1877 byl přistavěn kůr a postaveny varhany. V poslední době byl kostel v roce 1989 pokryt novou měděnou střechou a v roce 1992 byly instalovány nové lavice. V roce 2001 bylo nutné ové vymalování po požáru v sakristii. Kolem kostela býval od nepaměti hřbitov. Ten zanikl v druhé světové válce.