Vznik kostela Nejsvětějšího Srdce Ježíšova je od počátku spjat s jezuitským řádem. Tovaryšstvo Ježíšovo působilo v Cieszynie již na počátku a během 17. století. Jejich sídelním chrámem byl v té době kostel sv. Kříže poblíž náměstí v dnešní polské části města.

Kvůli zrušení řádu v roce 1773 jezuité Cieszyn opustili. Po znovuobnovení Tovaryšstva Ježíšova roku 1814 usilovali o návrat, městská rada jim však odmítla předat původní sídlo, kostel i gymnázium, které za dobu svého předchozího pobytu vybudovali. Proto padlo rozhodnutí o výstavbě nového chrámu na levém břehu řeky Olše v tehdejších Alejích arcivévody Albrechta (nyní Masarykovy sady). Jezuité zde roku 1890 zakoupili dvě budovy se zahradou a zahájili stavbu. Již 7. září 1894 otevřeli svou novou rezidenci.

Základní kámen kostela byl položen 11. června 1892. Chrám je vystavěn podle návrhu vídeňského architekta Ludwiga Zatzkého v novogotickém slohu. Mobiliář vyrobila řezbářská firma Stufflesser ze Sv. Ulrichu v Tyrolsku. Slavnostní posvěcení se uskutečnilo 10. října 1894 a hlavním celebrantem byl vratislavský arcibiskup Georg Kopp, který se spolu s arcivévodou Albrechtem podílel na financování stavby.

Jednou z prvních událostí po návratu Tovaryšstva Ježíšova bylo blahořečení místního rodáka Melichara Grodeckého. Melichar Grodecký se narodil roku 1584, 22. května 1603 vstoupil v Brně do noviciátu Tovaryšstva Ježíšova, kněžské svěcení přijal v roce 1614. Po čtyřletém pobytu v Praze odešel spolu se dvěma spolubratry do Košic, kde byli všichni tři 7. září 1619 umučeni. Tyto košické mučedníky blahořečil papež Pius X. 15. října 1905. V Cieszynie předtím proběhly velkolepé třídenní slavnosti, organizované jezuitskou komunitou. Bohoslužeb, které se konaly po tři dny na prostranství před kostelem NSJ, se účastnilo na 100 kněží a kolem 10.000 věřících. Během tridua bylo proneseno 22 kázání v jazyce německém, polském, českém a slovenském. Byly vystaveny ostatky blahoslaveného Melichara, které darovali jezuité z kostela Nejsvětější Trojice v Trnavě, kde jsou těla všech košických mučedníků uložena. Poslední den oslav byly tyto ostatky za veliké účasti lidu přeneseny ve slavnostním procesí přes řeku Olši do farního kostela sv. Marie Magdalény, kde byla posvěcena boční kaple ke cti bl. Melichara. Po zpěvu Te Deum se procesí vydalo zpět i s ostatky do jezuitského kostela, kde se končilo rovněž svátostným požehnáním a zpěvem Te Deum. Tato událost se později stala základem tradice těšínských procesí ke cti sv. Melichara. Poprvé v novodobých dějinách se toto procesí uskutečnilo 7. září 1996 po kanonizaci košických mučedníků, která proběhla 2. července 1995.

Ukončení první světové války přineslo jiné politické uspořádání střední Evropy. Nově vzniklé státy Československo a Polsko po vzájemné dohodě, jíž předcházela sedmidenní válka a řada následných nepokojů na národnostně pestrém území bývalého těšínského knížectví, vymezily státní hranici na řece Olši. Tímto okamžikem vzniklo na levém břehu město Český Těšín, které bylo do značné míry vystavěno až v období po roce 1920. V novém československém městě se v té době nacházely dva katolické kostely – Nejsvětějšího Srdce Ježíšova a sv. Hedviky v místní části Svibice. Při chrámu Nejsvětějšího Srdce Ježíšova sloužili trvale kněží, proto byl vybrán jako farní kostel pro místní věřící.

Prvním superiorem z československé viceprovincie byl P. Josef Koska, následovali P. František Vídeňský, P. Jan Svoboda a P. Tomáš Vítek. 31. července 1938 jezuité z důvodu personální krize předali kostel a faru na pět let vratislavskému komisariátu a ponechali si jen jednu budovu. Po obsazení Těšínska armádou Polské republiky (2. října téhož roku) se duchovní správy farnosti ujali polští jezuité pod vedením P. Franciszka Kałuży, který byl jmenován farářem 8. prosince 1938. Necelý rok poté však Těšín obsadila německá vojska a 3. listopadu roku 1939 byli všichni polští jezuité uvězněni. S výjimkou svého představeného byli pak po několika dnech propuštěni a vypovězeni z Těšína, P. Franciszek Kałuża zemřel 19. ledna 1941 v koncentračním táboře Dachau v pověsti svatosti. V současné době probíhá jeho beatifikační proces.

Štafetu duchovní služby pak převzali jezuité němečtí a během války pracovali při kostele Nejsvětějšího Srdce Ježíšova společně s diecézními kněžími. Představeným byl až do své smrti 2. dubna roku 1943 P. Ludvík Roelle, který zde obětavě a nepřetržitě sloužil od roku 1921. Byl členem německé jezuitské provincie a je pochován na hřbitově v Českém Těšíně.

Těsně po válce 1. srpna 1945 za superiora P. Aloise Galatíka předala česká provincie kostel a farní budovu farnímu úřadu, jehož vedením byl pověřen P. František Jedlička. Jezuité si však nadále ponechali jednu budovu rezidence, stojící na opačné straně nádvoří před kostelem. Byli zde až do roku 1950, kdy byl řeholní život v Československu násilně potlačen komunistickou mocí, a jezuité museli z města znovu odejít.

Administrativní vedení farnosti komplikovalo přiřazení území Těšínska k vratislavské diecézi. V Polsku vznikla katovická diecéze v roce 1925, avšak v Československu se situace vlivem událostí 20. století vyřešila až ustavením ostravsko-opavské diecéze v roce 1996.

V období po roce 1945 měla na starosti církevní správu odloučeného území tzv. apoštolská administratura se sídlem v Českém Těšíně. Prvním apoštolským administrátorem byl 26. června 1947 papežem Piem XII. jmenován ThDr. František Onderek, kterého roku 1962 vystřídal P. Antonín Veselý. Papež Pavel VI. 30. prosince 1977 apoštolskou administraturu zrušil a její území přičlenil k olomoucké arcidiecézi.

Od roku 1968 do roku 1992 pracovaly ve farnosti sestry M. Elekta a M. Leona - alžbětinky z Jablunkova. Po svém příchodu 14. září 1992 na jejich působení navázala Společnost sester Ježíšových, které vypomáhají ve farní pastoraci a pracují ve zdejší Charitě.

Po politických změnách v listopadu 1989 pozval olomoucký arcibiskup Mons. František Vaňák Tovaryšstvo Ježíšovo zpět do Českého Těšína. Provinciál P. Jan Pavlík jmenoval 15. února roku 1990 prvním superiorem komunity P. Rudolfa Zubka.

Provinciál Josef Čupr rozhodl na počátku 90. let o vybudování prvního exercičního domu Tovaryšstva Ježíšova na území České republiky. Vysvěcení exercičního domu a kaple sv. Melichara Grodeckého apoštolským nunciem v České republice Mons. Giovanni Coppou se uskutečnilo 30. října 1994. Bylo spojeno s oslavou 100. výročí vysvěcení kostela Nejsvětějšího Srdce Ježíšova za účasti olomouckého arcibiskupa Mons. Jana Graubnera. Kromě jiných hostů se slavnosti zúčastnil také Mons. Tadeusz Rakoczy, biskup diecéze Bielsko-Žiwiec, do níž patří město Cieszyn, a tehdejší pražský světící biskup Mons. František Lobkowicz, který v českotěšínské farnosti v letech 1980-1984 působil jako kaplan a o dva roky později se stal biskupem ostravsko-opavské diecéze.

Český provinciál z důvodu dvojjazyčnosti farníků požádal provinciála sousední Krakovské provincie, aby poslal do Českého Těšína kněze. Od 1. listopadu 1990 až do 31. července 2015, kdy farnost převzali diecézní kněží v čele s farářem Mons. Janem Svobodou, tak žila a pracovala v Českém Těšíně polsko-česká jezuitská komunita.